新乐伏羲台主体建筑坐北朝南，分布在一条中轴线上。该中轴线上的所有建筑均建在高5米的夯土台上，并在台上筑台逐层增高，形成高低错落重点突出的平面布局，从南至北依次为山门、六佐殿、龙师殿、寝宫。六佐殿为元代建筑，龙师殿和寝宫只留有基址，为1994年复原建筑，东西配房、厢房等建筑已毁。中轴线东西两侧建有华胥庙（俗称老娘殿）、雷公庙、东西朝房和钟鼓二亭。庙后还存有浴儿池、刺孩草、金水河等遗址。
六佐殿
六佐殿（原名十王殿）始建于商周，元大德五年曾进行大规模维修，现存梁架大部分是元代或元代以前的遗物。六佐殿面阔三间，进深二间，悬山青布瓦顶建筑，通面阔12.84米，通进深8.76米，通高6.5米，梁架结构为两柱七檩七架梁，各脊饰构件齐全。六佐殿梁架大木为自然材，不加斧凿，保持了元代以前的制式和风格。墙身下碱淌白丝缝，五花山墙，施圆形木窗，前后置板门，六佐殿四根金檐柱用当地黄山之石，斧凿为粗面不等边八角形状。
龙师殿
龙师殿，1994年复建，面阔三间，进深一间，四周有八角回廊，重檐歇山绿琉璃瓦顶建筑，通面阔18.45米，通进深15.5米，通高13米。第一层平面呈不等边八角形，对应于伏羲氏发明的先天八卦。殿身柱顶石式样有三种：一是前檐明间两块为莲瓣式，正面莲瓣下刻有圆狮子滚绣球；次间两块柱顶石为小花瓣式样；其余墙体内不露明的柱顶石均为素平石。梁架结构为七架梁前后双步梁，下檐廊步呈八卦形，用单步梁和双步梁直接插入殿身柱内。一层檐下施单翘单昂五踩斗栱，承托不等边八角形殿顶；上檐施单翘双昂七踩斗栱，承托殿顶，斗栱的分布：明、次间均用四攒平身科斗栱，一层廊步用三攒平身科斗栱，山面前后两间各用三攒平身科斗栱。收山一檩径多即400毫米，正脊中间置宝顶，各脊均有雕饰花样和吻兽。殿身前明、次间及后檐明间为四扇五抹隔扇，心屉为斜方格，中槛以上施斜方格横坡窗及走马板。油饰彩画仿明小点金作法，檐椽头部及天花彩绘太极和先天八卦图形，以与建筑的性质相谐调。
寝宫
寝宫，1994年复建，与龙师殿高台相连，寝宫面阔三间，进深一间，单檐歇山绿琉璃瓦顶建筑，通面阔12.98米，通进深8.18米，通高7.76米。梁架结构为两柱七檩七架梁。檐下施单昂三踩斗栱，斗栱布置：前后檐明间用四攒平身科斗栱，次间用三攒平身科斗栱；两山面前后间均用两攒平身科斗栱。前檐明间施六扇五抹格扇，两次间为四扇槛窗，心屉为斜方格，后檐及两山墙用大青砖做丝缝下碱，墙上身外饰红麻刀灰，油饰、彩画格调与龙师殿相同。
华胥庙
华胥庙，于2003年进行复建，面阔三间，进深一间，通面阔13米，通进深6.9米，通高7.55米，歇山青布瓦顶建筑，前檐明间施五抹隔扇，东西两次间施槛窗。华胥庙台基用九级台阶提高了整体高度，与第三层台上的寝宫和待复建的东西朝房呈高低错落有序。
其它建筑
伏羲台遗址北侧240米处的葫芦头、浴儿池、剌孩草和人工灌渠金水河是新石器时代的遗存，在葫芦头上有明代碑刻一通，原有浴池亭一座。复建了钟鼓亭，兴建了山门、颂羲堂、办公用房等仿古建筑。